人體腸道與外界相通,腸內棲息著大量微生物,其種類和數量在人處於健康狀態時,保持相對穩定和平衡,被稱為正常菌群或原籍菌群(Normalbacteriaflora),它們是機體內環境中不可缺少的組成部分,並且它們中的大多數與人體在漫長的協同進化過程中形成了共生關係。
一方面人體選擇性地讓某些微生物定植於腸道,並為其提供適宜的棲息環境;另一方面,這些微生物及其代謝產物又促進腸黏膜免疫功能的完善和影響、參與人體的多種代謝功能。人體腸道內有益菌的種類和數量的多少,在一定程度上可以反應出人體的健康狀態。
現代人的飲食和生活習慣、廣譜抗生素的濫用、剖腹產、深加工的食物、與自然環境中多種多樣的微生物接觸不充分等等都影響著我們的腸道菌群,然而這些僅僅是改變我們固有菌群結構中很小的一部分原因。可以說,在當代工業化的社會很少有人擁有一個完全健康的腸道菌群。